4 Séria

Začiatok štvrtej série sa odohráva tri týždne po ukončení tretej série a spätne sa dozvedáme, že Michael vystopoval Whistlera a Gretchen do Los Angeles a vo väzení Sona došlo k vzbure a všetci väzni utiekli, teda aj Sucre, Bellick a T-Bag. Gretchen prezradí Michaelovi, že Sara je nažive a hlava, ktorú poslala Lincolnovi nebola jej. Michael dostane ponuku od agenta Selfa, že ak mu pomôže zničiť Spoločnosť, budú mu odpustené všetky tresty. Michael súhlasí.

Whistler v skutočnosti tiež pracoval proti Spoločnosti a pri odovzdávaní dátovej karty s informáciami o Spoločnosti je zabitý novým zabijakom Spoločnosti, Wyattom. Michael dá dohromady tím skladajúci sa z neho, Lincolna, Sucreho, Bellicka, Mahonea, Sary a hackera Rolanda a začnú pracovať na získaní tejto dátovej karty, menom Scylla. Wyattovou úlohou je zahladiť stopy po všetkých, čo niečo vedeli o Scylle a začne prenasledovať Michaela a tím. Takisto zajme Gretchen, pretože vo svojej úlohe zlyhala.

K dekódovaniu Scylly bude potrebný dekodér, ktorý sa nachádza niekde v budove Spoločnosti a poznámky o tom, ako sa tam dostať mal Whistler vo svojej knižke, ktorú našiel T-Bag. Ten sa rozhodol nájsť Michaela a pomstiť sa za to, koľkokrát ho už chcel pri útekoch podviesť a nechať vo väzení. T-Bag sa vydáva za Cole Pfeiffera a zamestnal sa vo firme GATE, lebo tak ho navigovala Whistlerova knižka.

Wyatt zabil aj Mahoneovho syna a Mahone ho za to začne prenasledovať. Medzitým Michael, Lincoln, Sucre a Bellick organizujú akcie na získanie častí karty Scylla, keďže kvôli bezpečnosti nie je uchovávaná v celku, ale na šesť častí. Roland so Sarou sedia v základni a zisťujú potrebné informácie pre tím v teréne.

Michael s tímom získal už päť zo šiestich častí, no získať šiestu bude ťažšie, pretože ju má sám generál Spoločnosti. Vo firme GATE medzitým zistili, že T-Bag nie je Cole Pfeiffer, a preto T-Bag radšej ušiel, kým by to nahlásili na vedenie. Uňho doma ho prepadne Gretchen a donúti ho k spolupráci - chce totiž Scyllu získať pre seba a predať ju. T-Bag teda nastraží Michaelovi pascu a Michael sa chytí. Teraz musí Michael pomáhať T-Bagovi zistiť, čo znamenajú kódované odkazy vo Whistlerovej knižke. Gretchen zabije človeka, ktorý odhalil T-Baga a tak sa môžu vrátiť do GATE.

Michael využije chvíľu T-Bagovej nepozornosti a zamkne ho v sklade pod jeho kanceláriou v GATE. Gretchen zatelefonuje Michaelovi a ponúkne mu spoluprácu, keďže ona má aj ďalšie potrebné informácie, ktoré vo Whistlerovej knihe neboli - podmienkou je prepustenie T-Baga. Michael súhlasí.

Tím sa pripravuje na záťah na generála, no Roland ich zradí, povie Wyattovi ich pozíciu a Lincoln so Sucrem len o vlások stihnú ujsť, keď na nich Wyatt začne na mieste plánovanej akcie strieľať. Roland sa ide stretnúť s Wyattom, aby mu zaplatil za informáciu o Michaelovi a Lincolnovi. Wyatt Rolandovi aj napriek dobrej informácii o tom, kde sa mala uskutočniť akcia, nedôveruje a zastrelí ho. Michael vydedukoval, že ich zradil Roland a spolu s tímom ho sledoval. Keď Wyatt Rolanda zabil, Mahone zozadu omráčil Wyatta, zobrali ho so sebou, mučili a Mahone ho napokon zabil, aby pomstil svojho syna.

Pri prieniku do budovy Spoločnosti zo susediacej budovy - firmy GATE - treba prejsť stredom cez hlavné mestské vodovodné potrubie. Lincoln s Bellickom odstavia vodu, aby mohli do potrubia vŕtať. Keď majú potrebné diery, chcú prestrčiť potrubím menšiu rúru, aby cez ňu mohli chodiť, aj keď bude potrubím voda znova tiecť. Je však príliš ťažká a niekto by ju musel pridŕžať z vnútra potrubia. Bellick sa rozhodne, že sa obetuje a spraví to on. Keď začne voda znova tiecť, Bellick zahynie.

T-Bag zistí, že jeho sekretárka Trishanne je nasadená agentka a pripraví na ňu pascu, do ktorej sa aj so svojim nadriadeným, agentom Selfom, chytí.

Michael má príznaky mozgového nádoru, na ktorý zomrela aj jeho mama, a preto ho Sara vezme na vyšetrenie do nemocnice. Jej obavy sa potvrdia - Michael potrebuje operáciu. Michael to však odmietne, aby nenarušil plán na získanie Scylly.

Pri prieniku do chráneného trezoru Spoločnosti, kde sa nachádza dekódovacie zariadenie pre Scyllu sa Michaelovi podarí spustiť tichý alarm a generál Krantz okamžite príde do trezora, kde nájde Michaela s tímom. V skutočnosti to však bol Michaelov zámer. Generál mu totiž takto priniesol poslednú chýbajúcu kartu. Michael zapojí Rolandov notebook do dekódovacieho zariadenia, pripojí všetkých šesť kariet a na spodku zariadenia sa otvorí zásuvka, v ktorej sa nachádza Scylla. Michael ju zoberie a pomocou vydierania generála tým, že Sara zajala jeho dcéru Lisu ako rukojemníčku, sa im aj podarí odísť z budovy Spoločnosti.

Trishanne aj Self ujdú svojim zadržiavateľom a vrátia sa do GATE, kde T-Bag a Gretchen držia ostatných zamestnancov ako rukojemníkov a čakajú, kým Michael s tímom vyjdú von, aby mu Scyllu zobrali a predali ju. Nádejného kupcu, ktorý chcel od Gretchen Scyllu kúpiť, však chvíľu pred tým Trishanne pri úteku zabila. Gretchen sa podarí z GATE ujsť, ale T-Baga Trishanne chytí a zatkne.

Michael odovzdá Selfovi Scyllu a ten im sľúbi, že o chvíľu príde pre nich konvoj, ktorý ich odvezie do kancelárie, aby mohli podpísať dokumenty a stali sa slobodnými. Prešla však už dlhá chvíľa a stále nikto neprichádzal, preto Michael otvoril obálku, v ktorej mali byť tieto dokumenty, aby sa presvedčil. Jeho obavy sa však naplnili. V obálke boli iba prázdne papiere. V tých chvíľach práve Self zastrelil Trishanne a zobral si Scyllu, ktorú plánoval predať kupcovi, ktorého však Trishanne predtým zabila. Potrebuje preto zohnať nového kupcu a toho mu zoženie Gretchen, keďže Self si kúpil T-Baga a nakázal mu držať Gretcheninu rodinu ako rukojemníkov.

Self tiež nakecal svojmu nadriadenému, že Scyllu vzal Michael, a preto začne polícia hľadať Michaela. Keď ho nájdu, Michael všetko vysvetlí a na základe papierov, ktoré sa našli v Selfovej kancelárii Michaelovi Selfov nadriadený uverí. Nechce však opäť rozbehnúť operáciu Scylla, preto sa rozhodne, že Michaela a tím aj tak pošle do väzenia. Dôjde k prestrelke a Selfov nadriadený padá na zem mŕtvy.

Self sa stretne so sprostredkovateľom nového kupcu Scylly, ktorého mu našla Gretchen. Ten je spokojný, no žiada od Selfa kompletnú Scyllu, nie iba jej časť. Self nerozumie, no potom vydedukuje, že Michael si nechal malý kúsok Scylly u seba, ako poistku.

Selfovi sa podarí vziať Michaelovi chýbajúcu časť Scylly. Počas tejto akcie sa tiež Spoločnosti podarí chytiť Michaela, ktorý stratil vedomie, ako príznak nádoru v pokročilom štádiu. Self sa stretne so sprostredkovateľom predaja, no zabije ho, aby mu nemusel platiť províziu. U Gretcheninej rodiny zaklope na dvere predajca Biblií. T-Bagovi je podozrivý a zviaže ho. Self mu cez telefón káže zabiť ho. Na dohováranie Gretcheninej sestry sa T-Bag nad nimi zľutuje, Gretcheninu sestru s jej dcérou nechá odísť a predajcu Biblií tiež rozviaže. Ten ho však hneď omráči a odvedie ho do Spoločnosti.

Mahone sa stretne so starými kolegami a chce od nich, aby mu pomohli nájsť vo vláde niekoho, komu by mohol dôverovať a zasvätiť ho do informácii o Spoločnosti a Scylle. Povedia mu, že vedia o niekom a vezmú ho k nemu, ale počas cesty autom Mahone viac a viac nadobúda pocit, že to bolo klamstvo a že ho idú odovzdať polícii. Pokúsi sa preto o útek a ten sa mu s pomocou jeho bývalej podriadenej, u ktorej nakoniec zvíťazili priateľské vzťahy nad zákonom, podarí.

Lincoln príde do budovy Spoločnosti a chce vidieť Michaela. Generál Krantz ho vezme do suterénu a ukáže mu Michaela, pripraveného na operáciu mozgového nádoru. Spoločnosť Michaelovi pomôže, ak Lincoln bude pre nich pracovať a získa im späť Scyllu. Lincoln súhlasí a spolu so Sucrem sa vydá prenasledovať Selfa a Gretchen. Pri odovzdávaní Scylly príde k prestrelke, kupec zraní Selfa a ujde aj so Scyllou. Lincoln bude teraz musieť spolupracovať s Gretchen, aby zistil kam má kupec namierené.

Michaela začnú operovať. V podvedomí sa stretáva s Charlesom Westmorelandom, ktorý mu hovorí, že nie všetko musí byť, ako to vyzerá. Dá mu isté indície a Michael z nich zistí, že Scylla je vlastne plán na výrobu 100% solárnej energie a tým pádom nezávislosti od elektrární, a preto sú aj všetci zainteresovaní ochotní za ňu zaplatiť tak veľa. Po operácii sa Michael rozpráva s Lincolnom, ktorému povie, čo je Scylla. Pre Lincolna to už ale nie je podstatné, lebo sa od generála Krantza dozvie zaujímavejšiu vec a odvtedy berie návrat Scylly ako dokončenie rodinného diela. Michaelova a Lincolnova mama totiž tiež pracovala pre Spoločnosť.

Lincoln so svojím novým tímom - Gretchen, Selfom, T-Bagom a Mahonom odchádza do Miami vypátrať Scyllu. Michael sa preberá v opustenom dome, kde za ním prichádza doktor, od ktorého sa dozvie, že jeho mama stále žije a pracuje pre Spoločnosť. No rozprávať sa s ňou môže, až keď sa pridá k nim. Michael je proti.

Saru unesú, tentoraz je to však generálova dcéra Lisa, ktorá jej dá adresu, kde sa nachádza Michael. Ten plánuje útek z domu pomocou starého vzorca zo svojho tetovania, ktorý použil vo väzení. Doktor sa už chystá vstreknúť Michaelovi injekciu na ovplyvnenie jeho myslenia, ten im však utečie. Vydajú sa za ním a chytia ho, ale vtedy prijde Sara a pomôže mu ujsť.

Gretchen vyhľadá kupcu a stretáva sa s ním, aby získala informácie. Neskôr sa Lincoln, Gretchen, T-Bag, Self a Mahone stretavájú s kupcom a jeho dvoma spoločníkmi, no Gretchen všetkých troch zastrelí, pričom aj ona je postrelená a ponechaná napospas osudu. Na telefón kupcu volá žena, ktorá má u seba Scyllu. Lincoln jej oznamuje, že pôjdu po nej. Netuší však, že tá žena je jeho matka a že ona má Scyllu.

Michael so Sarou sa snažia dostať do Miami za Lincolnom a ostatnými. Cestou ich však prenasledujú tajní agenti, keďže po Michaelovom úteku dal Generál rozkaz zabiť ich. Jedného agenta Michael zneškodní, ten mu ešte pred smrťou stihne povedať, že jeho neposlal Generál, teda po nich ide aj niekto iný. Michael sa neskôr dovtípi, že to je jeho matka.

Lincoln sa stretáva so svojou matkou, Christinou. Tá mu povie, že chce zosadiť Generála z vedenia Spoločnosti, aby ju mohla viesť ona iným, ľuďom prospešným spôsobom. Prosí ho, aby sa nemiešal do záležitostí ohľadom Scylly a aby jej dal ešte dva dni na dokončenie jej plánu a potom by sa ich rodina mohla opäť zjednotiť a už by žili normálne a hlavne spolu. Lincoln jej uverí, T-Bag, Mahone a Self však nie. Pokračujú preto vo vlastnej akcii. Christine sa to nepáči a dá svojmu agentovi, ktorý sleduje Lincolna, cez telefón príkaz zastreliť ho. Ostreľovača sa ale podarilo včas zneškodniť.

Jeden z držiteľov kariet sa stretne s Generálom Krantzom, a pokúsi sa ho zabiť. Pokus sa mu nevydarí a Christina ho preto nechá zastreliť. Generál už tuší, že v tom všetkom má prsty Christina. Potvrdí sa mu to, keď mu T-Bag zatelefonuje, že Scyllu má Christina a je v Miami. Generál okamžite vyráža do Miami.

Sara si spravila tehotenský test a zistila, že je tehotná. Pri rozhovore s Michaelom Christina tvrdí, že Lincoln nie je jeho brat, ale Michaelov otec ho adpotoval, s čím ona príliš nesúhlasila, a preto si k nemu ani nevybudovala materinský vzťah.

Christina predstaví projekt Scylla na indickej ambasáde a ponúkne im ho na predaj. Potrebujú k tomu však, aby sa na ekologickej konferencii o tomto projekte vyjadril vplyvný profesor a syn indického premiéra. Na konferenciu Christina naláka aj Lincolna. Najatý ostreľovač syna indického premiéra zastrelí a všetko nastraží tak, aby vina padla na Lincolna. Christina má teda so Scyllou iné plány a táto pasca bola ich súčasťou. Lincoln je znovu v pozícii nespravodlivo obvineného z vraždy vysokopostavenej osoby, tento krát aj s Michaelom.

Pomocou podvrhnutých dokumentov sa Christine podarí z organizovania atentátu obviniť Čínu a indický premiér okamžite zareaguje a chce kúpiť Scyllu na vojenské účely, aby mohol pomstiť Číne smrť svojho syna. Christina zahrá, že jej je jeho syna ľúto, no v skutočnosti bol práve toto jej plán.

T-Bag pokračuje v svojom kariéristickom ťažení u Generála, ktorému sa jeho odhodlanosť páči a ponúkne mu stať sa človekom Spoločnosti. T-Bag ponuku prijíma. Aby dokázal svoju oddanosť, Generál ho poverí úlohou. Má nájsť Saru a priviesť ju ako rukojemníčku, aby mal Michael motiváciu konať.

Michaelovi a Lincolnovi sa s Mahonovou a Selfovou pomocou podarí ujsť z policajtami obkľúčeného hotela, kde sa konala konferencia. Scyllu však nemajú, preto je Generál nespokojný a ako výstrahu, že to myslí vážne, zatelefonuje jednému svojmu agentovi a dá mu pokyn zastreliť Selfovu manželku. Michael, Lincoln a Mahone si zistia kde sa bude Christina nachádzať, prepadnú ju a vezmú jej Scyllu. Pri úteku sa však podarilo Christine vziať Lincolna ako rukojemníka. Christina ho postrelí na špeciálne miesto na tele tak, aby ešte pár hodín žil. Dá Michaelovi na výber. Buď jej Michael prinesie Scyllu späť, alebo Lincoln zomrie. Podobne však zmýšľa aj Generál. Buď mu Michael prinesie Scyllu späť, alebo Sara zomrie.

Michael vyláka Generála do mesta, pod zámienkou vrátenia Scylly, on však medzitým ide oslobodiť Saru. Mahone zoberie falošnú repliku Scylly, ktorú vyrobil Michael a ide s ňou za Christinou. Táto replika má spôsobiť explóziu, ktorá by Christinu zabila. Christina však nezomrie, Lincolna sa ale podarí oslobodiť. Christina si príde po Scyllu za Michaelom, no Sara ju zabije.

Self ušiel Generálovi, ale Generálovi agenti ho stihli postreliť. Dostal sa tak do nemocnice, kde ho vypočúvajú agenti FBI, lebo chcú zistiť, kde je Michael a Lincoln. Self im nepovie nič, preto mu pichnú do žily smrteľnú látku. Doktori sa ho snažia zachrániť.

Sucreho kontaktuje C-Note a ponúkne mu spoluprácu s istým agentom, ktorý by im mohol pomôcť raz a navždy sa zbaviť obvinení, ak sa im podarí dať Scyllu vláde. Týmto agentom je Kellerman. Michael Kellermanovi spočiatku neverí, ale vidí, že to je jediný spôsob, ako sa zachrániť. S jeho pomocou sa im podarí zatknúť Generála aj T-Baga a Scyllu odovzdajú vláde. Všetci sú oslobodení, ich doterajšie obvinenia sú zrušené, T-Bag je poslaný späť do väznice Fox River a Generál je odsúdený na trest smrti elektrickým kreslom. Self prežil, ale ostal ochrnutý, čo je preňho iróniou, pretože jeho manželka bola ochrnutá a zapríčinil jej to on.

Michael a Sara sa vzali. Na svadobnej oslave im však zábavu preruší polícia, ktorá prišla zatknúť Saru za to, že zavraždila Christinu. Dôkaz o tom našli na priemyselnej kamere v objekte, kde sa vražda stala. Saru do začiatku vypočúvania umiestnia do ženskej väznice v Miami. Je tam s ňou však zle zaobchádzané a Michael sa bojí, že by to nemusela prežiť, alebo by to mohlo vážne ovplyvniť vývin ich dieťaťa, preto sa rozhodne ju z väzenia dostať von. Počas úteku Michael zahynie, spravil to však zámerne, pretože to bol jediný spôsob, ako dostať Saru na slobodu a Michael by onedlho aj tak zomrel, pretože sa ukázalo, že operácia mu nádor na mozgu neodstránila, ale iba dočasne potlačila.

O štyri roky má Mahone novú priateľku, jeho bývalú kolegyňu, agentku Langovú. Sucre je spolu s Maricruz a ich dcérou. Lincoln je spolu so Sofiou a LJ-om. Všetci sa spolu aj so Sarou a Sarinym synom Michaelom juniorom stretnú na Michaelovom hrobe.