3 Séria

 Michael je vo väzení Sona a Lincoln sa ho snaží odtiaľ dostať. Vybaví na ambasáde, aby Michaela aspoň do začatia súdneho pojednávania premiestnili do iného väzenia, keďže Sona je jedno z najnebezpečnejších väzení vôbec. Dozorcovia odmietli po početných vzburách a násilnostiach byť vo väzení a majú dohodu s panamským drogovým bossom Lecherom, ktorý je tiež uväznený v Sona, že on bude riadiť denný kolobeh vo väzení a za to im dá časť zo svojich ziskov. Všetko vyzerá byť OK, no Lincolna kontaktuje agentka pracujúca pre Spoločnosť Susan B. Anthony, a povie mu, že Sara Tancredi a Lincolnov syn L.J. sú rukojemníkmi a ak ich chce ešte vidieť nažive, musí Michael ostať v Sona a dostať odtiaľ muža menom James Whistler - pretože Spoločnosť Michaela sleduje už od jeho úteku z Fox River a vedia, že on je jeden z mála s takým IQ na vypracovanie plánu na útek. Lincoln sa medzitým pokúsi oslobodiť Saru a L.J.-a, ale nepodarí sa mu to. Ako výstrahu pred podobnými pokusmi Susan zabije Saru a pošle Lincolnovi jej hlavu. Lincoln to však nedokáže povedať Michaelovi a celý čas mu klame.

Za Mahonem prišli do väzenia jeho bývalí kolegovia, agenti a ponúkli mu prevoz do väzenia v USA, s nízkou ostrahou a so znížením trestu na 4 roky, pokiaľ bude svedčiť proti exprezidentke Reynoldsovej. Mahone súhlasil a odviedli ho z väzenia. Mahonemu celú vec okolo jeho výpovede a následného miernejšieho trestu predložili ako formalitu, že všetko je už dohodnuté, no postupom času sa viac a viac stávalo jasné, že to také jednoduché nebude.

Michael naplánoval útek, ale najprv chcel vidieť fotky Sary, inak ho zruší. Keďže Lincoln žiadne nemal, bol nútený mu prezradiť, že Sara je mŕtva. Útek sa neskôr aj tak nepodaril. Lecherovi bolo hneď jasné, kto by bol schopný podujať sa na útek zo Sona. Zavolal si Michaela a tváril sa, že ho ide potrestať za pokus o útek. Nakoniec sa však z neho vykľulo, že Michaelovi ďalší pokus o útek prikazuje a on utečie s ním. Michael už začal pochybovať o tom, či Whistler naozaj hovorí pravdu, o tom kto je a teraz sa v tom len utvrdil, keďže zbadal z okna Whistlera na mieste pre styk s návštevami a jeho návštevou bola Susan, ktorá sa s ním na niečom dohadovala a z ich konverzácie bolo jasne vidieť, že to nie je ich prvé stretnutie a že s Whistlerom spolupracuje.

Do väzenia sa vrátil Mahone, ktorý kvôli abstinenčným príznakom z nedostatku drog, ktoré bral, nemohol vypovedať v prípade, ktorý sa zdal byť už vopred jasný.

Michael vymyslel nový plán. Lechero mu umožnil prístup do starej podzemnej chodby, v ktorej začali kopať tunel na povrch. Michaela navštívil Lincoln a Michael mu povedal o ich pláne na útek. K trojici kopúcich sa pod vyhrážkami prezradenia pridali ešte Bellick, T-Bag a napokon Michael pribral z ľútosti do skupiny aj mladého väzňa McGradyho. Keďže útek bude v noci, zišlo by sa ísť po tme a preto Michael rozmýšľal, ako vyradiť osvetlenie z prevádzky. Elektrika sa však nedala odpojiť zvnútra a preto sa dohodol s Lincolnom, že to spraví on. Aj tak to však pôjde len na 30 sekúnd.

Michael mal svoj plán dôkladne prepracovaný, a preto nechal odísť prvých Lechera, T-Baga a Bellicka a on s ostatnými ostal vnútri. Po 30 sekundách nabehla elektrika, zapli sa svetlá a stráže si všimli utekajúcu trojicu. Nastal poplach, prišli jeepy s vojakmi a Lechera, T-Baga a Bellicka odviedli späť do väzenia. Vtedy Michael využil situáciu, vyliezli z tunela a popod jeepy sa preplazili až k diere v plote, ktorú pre nich pripravil Sucre, ktorý sa zamestnal vo väzení ako hrobár, aby mohol prípadne Michaelovi pomôcť. Skupina dobehla na pláž, kde sa stretli s Lincolnom a vykopali dýchacie prístroje, ktoré tam pred tým Lincoln so Sofiou, Whistlerovou priateľkou, zakopali. Vyplávali na more a prišli k bóji, ktorá bola pre nich orientačným bodom na stretnutie so Sucrem, ktorý mal pre nich prísť člnom. Sucre však mal iné problémy. Vo väzení pri vyplácaní výplaty odhalili, že meno pod ktorým vystupuje nie je v skutočnosti jeho a zatkli ho. Našťastie Lincoln informoval o akcii aj McGradyho otca, ktorý, keďže v prístave videl, že ich čln stále kotví a nevyplával a teda Sucre má asi nejaké problémy, prišiel pre nich.

Vo väzení vypočúvali a mučili Lechera, T-Baga a Bellicka a chceli od nich vedieť, kam išiel Michael s ostatnými. Keď vypočúvali T-Baga, náhodou si všimol cez okno vo vedľajšej miestnosti zatknutého Sucreho a povedal strážam, že Sucre vedel všetko o Michaelovom pláne úteku. Stráže teda začali mučiť aj Sucreho.

Michael, Lincoln, Whistler a Mahone prišli na dohodnuté miesto a čakajú na Susan. Whistler ale využil chvíľu Michaelovej a Lincolnovej nepozornosti, rozbil okno a ušiel. Michael s Lincolnom ho začali naháňať a chytili ho. Medzitým im zavolala Susan, že ona je už tam. Keďže ich plánom bol moment prekvapenia, museli vymyslieť niečo iné. Stretli sa teda v mestskom múzeu a prebehla výmena L.J.-a a Sofie, ktorú pár dní pred tým tiež Susan chytila, za Whistlera. Michael rafinovaným spôsobom dosiahol, že museli vyjsť z múzea spolu a teda Susanini agenti nemohli po nich strieľať, lebo by mohli zasiahnuť aj Susan alebo Whistlera. Vonku však už k prestrelke došlo a Sofia sa zranila.

Vo väzení T-Bag klamstvom o strážcovi, ktorý im chce predať slobodu navnadil Lechera, aby zohnal nejaké peniaze. Akonáhle boli peniaze objednané, zabil Lechera a sám sa vyhlásil za nového šéfa Sona. Aby dostal väzňov na svoju stranu, vykrikoval, že Lechero bol tyran, on ho zvrhol, on zavedie rovnosť všetkých väzňov a každému dal istý obnos peňazí.

Sucreho stále mučili, no žiadny výsledok to neprinieslo, tak ho na pokraji smrti nechali tak a kapitán kázal umiestniť ho do väzenia medzi ostatných.

Susan s Whistlerom ušli a vysvitlo, že celé to bolo iba nafingované, že Whistler je Susanin spolupracovník, že jej pravé meno je Gretchen Morgan, že žiadne súradnice, o ktorých Whistler počas celej série hovoril, vlastne neexistovali a vo svojej knižke mal zapísané niečo úplne iné, čo Gretchen potrebovala, kvôli čomu ho potrebovala dostať von z väzenia. Táto knižka mu však pri úteku ešte vo väzení vypadla a našiel ju T-Bag. Whistler sa neskôr stretol s Mahonem a spýtal sa ho, či ide s ním a Gretchen. Mahone súhlasil.

Lincoln prišiel do nemocnice za Sofiou, s ktorou sa v poslednom čase veľmi zblížili. Tá mu povedala, že vo svojom byte pod posteľou nájdu niečo o Whistlerovi. Lincolna to už nezaujímalo, no Michael tam chcel ísť. Lincoln sa teda nechal prehovoriť a išli tam. Pod posteľou našli kufrík, otvorili ho a našli v ňom Whistlerove tajné spisy. Michael si ich zobral, aby mohli Whistlera a Gretchen vystopovať, pomstiť Saru a zničiť Spoločnosť. Lincoln bol však proti, lebo vraj on už spravil všetko, čo mohol a nerád by sa zaplietol do niečoho ďalšieho. Michael sa teda rozlúčil s Lincolnom a odišiel sám.