2 Séria

Osem hodín po úniku z väzenia Burrows a Scofield utečú pred svojimi prenasledovateľmi. Spolu s nimi i Fernando Sucre, John Abruzzi,Benjamin Miles „C-Note“ Franklin, Theodore „T-Bag“ Bagwell, David „Tweener“ Apolskis a Charles „Haywire“ Patoshik. Na ich chytenie je pridelený špeciálny agent Alexander Mahone. Lincolnovi nepomôže ani zistenie, že Terrence Steadman žije, pretože krátko na to Veronicu Donovanovú zabijú. Ôsmi utečenci sa rozdelia, ale ich cieľ zostáva rovnaký - dostať sa do Utahu, kde ich spoluväzeň, Charles Westmoreland, ktorý zomrel počas úteku, ešte pred desiatkami rokov skryl 5 miliónov dolárov. Medzitým je Lincolnov syn L.J. obvinený z vraždy svojej matky a nevlastného otca. Dostane sa do detského ústavu v Arizone. Dozorcovia Brad Bellick a Roy Geary sa po bitke nakoniec rozhodnú, že tiež pôjdu po stope utečencov, pretože zistili výšku peňazí, ktorú by dostali ak by ich chytili.

Michael a Lincoln sa postupne dozvedajú o tom, že vraždu Terrencea Steadmana na Lincolna narafičila tajná vládna organizácia, menomSpoločnosť a rozhodnú sa jej pomstiť. V Spoločnosti kedysi pracoval aj Lincolnov a Michaelov otec Aldo Burrows, no po zistení nekalých taktík Spoločnosti z nej odišiel a snažil sa ju zničiť. To bol aj dôvod, prečo si Spoločnosť vybrala práve Licolna, ako fiktívneho vraha Terrencea Steadmana - verili, že Aldovi Lincolnove obvinenie nebude ľahostajné a vyjde z úkrytu a postaví sa im zoči voči. Aldo sa pridáva k bratom, no hneď na to je postrelený agentom Alexandrom Mahoneom a skôr než stihnú prísť do nemocnice, Aldo zomiera. Michael sa po prvýkrát od úteku stretáva so Sarou a vyznajú si lásku. Lincoln s Michaelom vydierajú prezidentku Reynoldsovú nahrávkami z jej telefonátov s bratom a požadujú pre seba prezidentskú milosť. Prezidentka bola pritlačená spoločnosťou (ktorá mala s bratmi svoje plány) a musela odstúpiť z funkcie, teda už nemohla udeľovať milosť.

Na stranu bratov sa postaví aj agent Paul Kellerman, ktorý tiež znenávidel postupy Spoločnosti a rozhodol sa ju potopiť. Na konci série bratia unikajú do Panamy. Medzitým Kellerman svedčí, že on sám podvrhol falošné a odstránil pravé dôkazy v prípade Lincolna Burrowsa a na základe tajných dokumentov Spoločnosti, ktoré so sebou priniesol mu súd uverí a s okamžitou platnosťou zbavuje všetkých obvinení Lincolna Burrowsa. Ten sa však o tom v Paname nedozvie a spolu s Michaelom podniknú riskantnú akciu, ktorou sa chcú zbaviť ich prenasledovateľa, agenta Mahoneho (ktorý už tiež prestáva veriť tomu, čo robí a robí to už len zo strachu z nadriadených). Na svoju loď dajú drogy a potom sa s ním stretnú. Dohodnú sa s ním, že on ich nechá ísť a oni mu nechajú tú loď. On súhlasí, no v zápätí sa tam ocitá polícia a Mahoneho zatýkajú za prechovávanie drog na svojej lodi. Sara príde do Panamy za bratmi a oznámi im, že Lincoln bol oslobodený. Vtedy prichádza agent Bill Kim, (ktorý už asi od polovice 2. série tiež riešil tento prípad, pretože Mahone už nebol taký spoľahlivý) a mieri na nich pištoľou. Sara však pohotovo tiež vytiahne pištoľ a Kima zastrelí. Prichádza polícia a Michael z lásky k Sare, aby ona nemusela ísť do väzenia, berie vinu na seba.

Brad Bellick a Roy Geary idú po T-Bagovi, pretože on má batoh s Westmorelandovými 5 miliónmi. Rozdelia sa a Roy ide priamo za T-Bagom. T-Bag Roya zabije a ujde. Polícia však obviní z Royovej vraždy Bellicka, pretože na jeho telefónnom záznamníku zistili, že Bellick a Roy sa pohádali a teda Bellick mal motív.

Takýmito zhodami okolností sa na konci druhej série ocitnú v jednom väzení (Sona) spoločne Michael Scofield, Brad Bellick a agent Alexander Mahone.

Polícia neskôr prišla na stopu aj T-Bagovi a na začiatku tretej série sa aj on dostáva do Sona.